カトリック文庫では、聖書、祈祷書、聖歌集、要理書およびそれらの解説書、布教資料などの、あらかじめ広く流通することが想定された公刊資料だけでなく、教会史・修道会史資料など限られた範囲での利用を目的につくられた資料も収集対象としている。「資料収集方針」（抜粋）でも次のように謳い、特に力点を置いている。

---------------------------------------------------------------------------------------

（収集する資料）

　基本方針に基づき、次の資料を収集する。

４　教会、修道会が出版した史誌、布教誌、教区報、教会報等（出版年を問わない）

---------------------------------------------------------------------------------------

教会史・修道会史資料は基本的に関係者のみに配付されるためか比較的入手が困難であり、古書市場に出回ることも少ないが、個別教会や教区の歴史資料、個別修道会の歴史資料はキリスト教史研究には必要不可欠であろう。それゆえ、当該資料の収集はカトリック文庫の設立目的に適うとともに、学内外で当該分野を調査・研究する方々にとって有益だと考えている。

なお、教会史・修道会史資料は、以下のとおり固有の分類・別置記号を付与した請求記号に基づき配架している。

【カトリックの教会史、修道会史の請求記号】